Câu chuyện diễn ra trên một hòn đảo, nơi "Hệ thống Fractale" đang bắt đầu sụp đổ. Một ngày nọ, Clain tìm thấy một cô gái bị thương tên là Phryne dưới một vách đá. Cô ấy biến mất để lại một mặt dây chuyền. Clain bắt đầu cuộc hành trình với hình đại diện là cô gái Nessa để tìm kiếm Phryne và khám phá ra bí mật của Hệ thống Fractale.
