Khi một sinh vật ngoài Trái đất được gọi là "Savage" tấn công nhân loại, công nghệ duy nhất có khả năng chống lại kẻ thù là vũ khí được gọi là "Hundred." Là một người sống sót sau một cuộc tấn công của Savage, Hayato Kisaragi là một thiếu niên tự hào có mức độ tương thích cao nhất với công nghệ nói trên và do đó, được mời để làm chủ các kỹ năng của mình tại Little Garden, một học viện quân sự danh tiếng trên một con tàu chiến.
